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作物能不能留种和转基因没有直接关系，关键在于种子本身是常规种还是杂交种。转基因性状转入到常规作物中就可以留种，转入到杂交作物中则不适合留种。
农作物种子分为常规种和杂交种。杂交种是通过一定技术和方法将一个品种的花粉授给另一个品种从而结实产生的种子，杂交种能够综合父母两个品种的不同优势，甚至还可能会产生超越两个品种的杂交优势。在杂交种出现之前，农民一直通过自留常规种来种植庄稼。
受育种技术的限制，并不是所有的作物都可以轻易地实现杂交。比如杂交水稻技术正是在袁隆平院士等科学家不懈努力之下才实现的，为中国及世界粮食安全作出巨大贡献。作物的特点不同、种子类型也不同。玉米目前基本都是杂交种，而大豆、小麦则多为常规种，水稻既有杂交种又有常规种。
农业生产上，如果使用了杂交种再对后代进行留种种植的话，因为性状分离等遗传规律，杂交产生的优势就会丢失，作物会整齐度不一、农艺性状会显著下降，达不到现代化农业生产的要求。例如，玉米杂交种具有生产旺盛、产量高、抗病虫害能力强的优势，但是种子来年再种则会发生参差不齐、性状不优、产量下降的情况，因此不宜留种，需要购买新种。而大豆、小麦常规种留种后性状保持得较好，也就可以继续作为种子使用，不必年年购种。
此外，小麦、玉米、水稻等作为粮食出售时，为了防止发芽带来损失，有时候也会进行灭活处理，例如使用高温熏蒸等措施来破坏种子内部结构。所以一般买来的粮食、进口的粮食是不能发芽或者发芽率不高，这和是不是转基因也没有任何关系。
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